El Abismo al que hace referencia el título, es una gigantesca cavidad redonda en una isla que alberga dentro un sistema de túneles y cuevas, en gran parte inexploradas, habitado por criaturas fantásticas y repleto de reliquias cuyo origen se desconoce. Incontables aventureros se han adentrado en el Abismo para resolver sus misterios, pero muchos de ellos jamás regresaron. No sólo por la inabarcable y salvaje flora y fauna que surge en cada rincón de las cavidades, que se vuelve más hostil e impredecible mientras más hondo se llega; sino por la llamada "Maldición del Abismo", una misteriosa enfermedad que achaca a aquellos que quieren volver cuando ya están a demasiada profundidad.

La protagonista de la historia es Riko, una nena que quedó huérfana cuando Lyza "la aniquiladora", una reconocida "Silbato Blanco" (rango que ostentan los más legendarios de estos exploradores) desapareció en las profundidades del Abismo. La chica sueña con seguir los pasos de su madre, y resolver de una vez por todas los enigmas, aunque tenga que adentrarse hasta donde nadie sobrevivió. La aventura comienza el día que se encuentra con Reg, un nene-robot con amnesia que porta un misterioso mensaje: "Te espero en el fondo del abismo". Riko, convencida de que el mensaje proviene de su desaparecida madre, decide adentrarse en el Abismo con su nuevo amigo robótico para descubrirlo, aun sabiendo que lo más probable es que jamás vuelvan.