Kenshin Himura es un experto esgrimista que, durante la era de la Restauración Meiji, llegó a convertirse en uno de los asesinos más famosos y despiadados, ganándose el sanguinario apodo de "Hitokiri Battousai". Procurando dejar atrás su oscuro y sangriento pasado, se promete no volver a matar y dedica su vida a viajar por todo Japón ayudando a personas necesitadas en forma de redención. Todo cambia cuando conoce a Kaoru Kamiya, una adolescente huérfana que trabaja como instructora de kendo que, tras salvarla del ataque de un grupo de hombres que intentan quedarse con el dojo que ha heredado de su padre, lo invita a quedarse a vivir con ella, restándole importancia a su pasado. Pero a diferencia de Kenshin, aún hay muchos que se rehúsan a adaptarse a los nuevos tiempos y pronto lo obligarán a volver a empuñar la espada para proteger la paz que a duras penas ayudó a forjar.