La historia de Shangri-La Frontier continúa tras haber derrotado a Wezermon, el guardián de la tumba. En esta ocasión nuestros protagonistas tienen que separarse, pues después de su gran hazaña se han convertido en los jugadores más buscados de este mundo virtual. Sin embargo, no todo será tan sencillo como subir de niveles; para saber qué otras aventuras les esperan, Sunraku tendrá que viajar a ciudades nuevas en compañía de la enigmática Ellym y su hermana Bilac.